Akademi-akademi di kota ini dibagi menjadi distrik-distriknya sendiri dan sebagian besar dianggap independen.
Dewan Mahasiswa Umum bertindak sebagai badan pengurus untuk mengelola akademi-akademi secara keseluruhan. Akan tetapi, kemampuan kelompok tersebut untuk memerintah telah terhenti sejak hilangnya ketua Dewan Mahasiswa Umum secara misterius. Banyak sekali masalah yang mulai muncul di seluruh Kivotos tanpa adanya kepemimpinan ketua.
Untuk menghindari bencana, Dewan Mahasiswa Umum meminta bantuan dari Klub Investigasi Federal, atau yang dikenal sebagai Schale. Faktanya, Schale adalah klub terbaru di kota ini dan yang terakhir disetujui sebelum ketua menghilang.
Untuk menyelesaikan tugasnya, Schale bergantung pada bimbingan seorang Sensei yang dapat membantu mereka menyelesaikan insiden-insiden di sekitar Kivotos.
