Di dunia yang dihuni oleh makhluk yang dikenal sebagai Kaiju, Kafka Hibino bercita-cita untuk bergabung dengan The Defense Force. Ia berjanji untuk bergabung dengan teman masa kecilnya, Mina Ashiro. Tak lama kemudian, hidup membawa mereka ke jalan yang berbeda. Saat bertugas membersihkan sisa-sisa pertempuran Kaiju, Kafka bertemu Reno Ichikawa. Tekad Reno untuk bergabung dengan The Defense Force membangkitkan kembali janji Kafka untuk bergabung dengan Mina dan melindungi umat manusia.
